Los ríos Tajo y Guadiana se encuentran embalsados en buena parte a su paso por Extremadura. Además, la escasez de agua en los meses estivales ha propiciado la construcción de pequeños embalses y charcas. De hecho, Extremadura es la región española con más costa interior.
En las islas de estos embalses aparecen colonias reproductoras de charrancito, pagaza piconegra, canastera, cigüeñuela, chorlitejo chico y, ocasionalmente, charrán común. El cormorán grande ha comenzado a nidificar también.
En los muros de las presas suele observarse avión roquero y, a veces, roquero solitario, collalba negra o escribano montesino.
En las charcas con vegetación flotante nidifican zampullín chico, somormujo lavanco, focha común y, de vez en cuando, fumarel cariblanco y avefría. Y, entre las anátidas, ánade friso, cuchara común y puntualmente pato colorado y porrón común.
Las aves acuáticas aumentan en invierno, con poblaciones destacadas de ánades real, rabudo, silbón y friso, cuchara común, porrones común y moñudo, cerceta común y pato colorado. La invernada de somormujo lavanco y zampullines chico y cuellinegro llegar a ser relevante en algunos lugares. También hay dormideros de grulla común, gaviotas y cormorán grande. Durante sus migraciones, la cigüeña negra se concentra aquí en grandes bandos y puede verse con regularidad águila pescadora.
Entre las ZEPA con embalses y charcas destacan Embalse de Orellana y Sierra de Pela; Llanos de Zorita y Embalse de Sierra Brava; Embalse de los Canchales; Embalse de Montijo; Embalse de La Serena; Embalse de Arrocampo; Embalse de Brozas; Embalse de Borbollón; Embalse de Alcántara; Embalse de Talaván; Embalse de Valdecañas; Embalse de Valuengo; Embalse de Gabriel y Galán; Embalse de Vegas Altas; Llanos y Complejo Lagunar de La Albuera; Complejo Lagunar Egido Nuevo; y Charca de la Dehesa Boyal de Navalmoral.
